Pixenはアートワークを複数のレイヤーに分けて作業することが出来ます。
レイヤーはピクセルアートの世界でも、高い自由度を提供します。例えば、キャラクターを描いた後に新しいレイヤーにそのキャラクターの服を描いたりといった具合にです。 レイヤーを切り替えた後に行った変更は変更後のレイヤーに対してのみ行われるので、間違っていくつかのピクセルを消してしまった場合でも、元のレイヤーには影響しません。
レイヤーのリストはドキュメントウインドウの左側に表示されます。